قرر المستشار الانقلابي محمد شقير، القائم بأعمال المحامى العام لنيابات جنوب الجيزة، إحالة الدكتور ياسر على، المتحدث باسم رئاسة الجمهورية في عهد الرئيس مرسى، إلى محكمة الجنايات بعد تلفيق تهم له منها التستر على الدكتور هشام قنديل رئيس الوزراء ومساعدته على الهروب والانضمام لجماعة محظورة.

ولفقت النيابة الانقلابية لياسر علي عددًا من الاتهامات منها :الانضمام إلى جماعة وتنظيم إرهابي الغرض منه تكدير الأمن والسلم العام، والإضرار بالوحدة الوطنية والتعدي على الحرية الشخصية للمواطنين، وتكوين تشكيل عصابي لنشر الفوضى في البلاد، وقطع الطرق وتعطيل حركة سير المواصلات العامة، والإتلاف العمدي لمنشآت الدولة والأملاك الخاصة، ومساعدة مطلوبين للجهات الأمنية على الهروب إلى الخارج.