لا تزال مستشفى جامعة الإسكندرية تعاني من أزمة النفايات الطبية التي تشكل خطورة على حياة المرضى والعاملين في المستشفى، بل وسكان المناطق المجاورة أيضاً، وتهدد باصابتهم بمختلف الأمراض والأوبئة.

حيث امتلأت المخازن المخصصة لتجميع النفايات الطبية الخطرة، ولم تعد قادرة على استيعاب المزيد، الأمر الذي جعل العاملين في المستشفى يقومون بتخزين النفايات الزائدة في فناء المستشفى، وعلى مقربة من المرضى والعاملين والمترددين في المستشفى، الأمر الذي ينذر بوقوع كارثة صحية، وخاصة لإحتواء تلك النفايات الخطرة على السرنجات الطبية، وبقايا الدماء، والأقطان المحملة بالأمراض، ومخلفات العمليات الجراحية، مما يجعل المستشفى بيئة خصبة لانتقال الأمراض .