قرر قائد الانقلاب العسكري عبد الفتاح السيسي، تعيين المستشار هشام بدوي، قائمًا بأعمال رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات، بعد عزله للمستشار هشام جنينة، رغم خدمات "جنينة" للانقلاب ، وترحيبه بانقلاب 3 يوليو .

تحفل السيرة الذاتية للمستشار هشام عبد بدوي، بالعديد من القرارات والمواقف الشهيرة أثناء توليه المناصب القضائية المختلفة، الذي بدأ مسيرته كعضو بالنيابة العامة، ثم منصب المحامي العام الأول لنيابات أمن الدولة العليا في 2005، ومنها إلى القضاء رئيسا بمحكمة استئناف القاهرة بعد ثورة 25 يناير، حتى صدر قرار وزير العدل بحكومة الانقلاب العسكري المقال المستشار أحمد الزند، بندبه مساعداً لإدارة مكافحة الفساد.

وحقق المستشار هشام بدوي في قضية شركة سلسبيل عام 1992 المتهم فيها خيرت الشاطر، وحسن مالك، وجمعة أمين، ومحمود عزت، قيادات جماعة الإخوان، كما أشرف على تحقيقات قضايا الرأي العام والمتعلقة بالحركات الجهادية والتكفيرية، من أبرزهم قضية خلية حزب الله عام 2009، وقضية عبدة الشيطان، و قضايا التجسس بعد ثورة 25 يناير .

وقضية ضابط الموساد الإسرائيلي إليان المعروفة إعلامياً بـ"جاسوس الاتصالات"، والجاسوس الأردنى بشار أبو زيد، أردنى الجنسية، المتهم بالتجسس لصالح الموساد فى القضية رقم 146 لسنة 2011 والتي حكم في قضايا الإسرائيليين "بالبراءة" .

وفور تولى الرئيس الشرعي محمد مرسى الحكم،أول رئيس مدني منتخب ، وتعيين المستشار طلعت عبد الله نائبا عاما، قرر إنهاء ندب المستشار هشام بدوي بنيابة أمن الدولة العليا، ونقله إلى محكمة استئناف القاهرة، ومن ثم تعيين المستشار هشام القرموطي، محاميًا عامًّا أول لنيابة أمن الدولة العليا خلفًا له.