وافق مجلس وزراء الانقلاب على مشروع قرار بقانون بتعديل بعض أحكام القانون الخاص بإعادة تنظيم الأزهر وهيئاته، بما يسمح بتوسيع صلاحيات رئيس الجامعة في فصل "الطلاب المخربين" – على حد زعمهم وفى إشارة منهم إلى الطلاب الذين يتظاهرون ضد الانقلاب- وعزل أي عضو بهيئة التدريس يشارك في تظاهرات تؤدى إلى عرقلة العملية التعليمية.
 
وجاء فى التعديل الجديد وفقا لـ" شبكة الجزيرة مباشر مصر" أنه يُسمح لرئيس الجامعة أن يوقع عقوبة الفصل من الجامعة على كل طالب يرتكب أو يسهم في ارتكاب أي من المخالفات الآتية، بالإضافة إلى ممارسة أعمال تخريبية تضر بالعملية التعليمية، أو بالمنشآت الجامعية، أو تعرض أيا منها للخطر.
إدخال أسلحة أو ذخائر أو مفرقعات أو أية أدوات من شأنها ان تستعمل في إثارة الشغب، والتخريب.
 
والإتيان ما يؤدى إلى تعطيل الدراسة أو منع أداء الامتحانات، وتحريض الطلاب على العنف أو استخدام القوة، على ألا يكون ذلك إلا بعد تحقيق تجريه الجامعة، خلال 7 أيام من تاريخ الواقعة، ويكون الطعن على هذه العقوبة أمام مجلس التأديب المختص بالجامعة ثم أمام المحكمة الإدارية العليا .
 
كما ينص التعديل على أن يعاقب بالعزل كل عضو من أعضاء هيئة التدريس أو من العاملين خارج الهيئة، يرتكب مخالفات من بينها الاشتراك في مظاهرات تؤدى الى عرقلة العملية التعليمية، أو الإضرار العمدى بالمنشآت الجامعية أو المباني التابعة لها، أو ممتلكات الجامعة. ويأتي هذا القرار قبل بدء الدراسة، وبعد احتجاجات طلابية واسعة في الحرم الجامعي والمدينة الجامعية للأزهر خلال العام الماضي.