أصدر السيد الدكتور محمد مرسي، رئيس الجمهورية، قرارا جمهوريا حمل رقم5  لسنة 2012، بشأن تشكيل لجنة للإفراج عن المعتقلين السياسيين.

وتضمن القرار 6 مواد، نصت المادة الأولى منه على الآتي: "بعد الاطلاع على البيان الدستوري الصادر 13/ 2 /2012، والاطلاع على الإعلان الدستوري في 30/3/2011 ، وعلى قانون العقوبات وقانون الإجراءات الجنائية، وقانون 162 لسنة 1958 بشأن حالة الطوارئ، والقانون رقم 25 لسنة 1966، بشأن القضاء العسكري، قرر رئيس الجمهورية، تشكيل لجنة برئاسة المستشار محمد أمين المهدي، وعضوية كل من النائب العام المساعد، والمحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، والمساعد الأول لوزير الداخلية للأمن العام، ومساعد أول وزير الداخلية لقطاع مصلحة السجون، ونائب مدير القضاء العسكري و4 من ممثلي المجتمع المدني وشباب الثورة، وهم: أحمد سيف الإسلام، ومحمد علي زارع علي كمال مصطفى، إسلام لطفي علي.

ونصت المادة الثانية على أن تكون مهمة اللجنة ما يأتي: "بحث حالة جميع المدنيين الذين صدرت ضدهم أحكام عسكرية منذ 25 يناير 2011، وحتى تاريخ تسليم السلطة يونيو 2012، وإعداد تقرير نوع الجريمة المسندة إليهم وسبب اعتقال كل منهم، وبحث حالة الثوار التي أسندت إليهم أحكام منذ قيام ثورة يناير، وحتى الآن، وتحديد نوع الجريمة، والحكم الصادر بشأنهم.

فيما نصت المادة الثالثة من القرار: أن يكون من حق اللجنة أن تنتقل إلى كافة السجون وأماكن الاعتقال، والاطلاع على ملفات المعتقلين، ومعرفة أسباب تواجدهم، فيما أكدت المادة الرابعة: حق اللجنة الاستعانة بمن تراهم من أشخاص من خارج المؤسسات المعنية لتقديم معلومات عن المعتقلين، وشددت المادة الخامسة: على ضرورة أن ترفع اللجنة تقريرها النهائي خلال أسبوعين لكل حالة على حدة، وطالبت المادة السادسة من القرار: جميع الجهات: بتقديم ما لديها من معلومات للجنة لمساعدتها فب أداء دورها.